頭部、尾部の二つに分かれ、頭部の２１時南中は６月２７日、尾部の２１時南中は８月２日で、正中高度は５５°です。古代バビロニア時代には、へびつかい座と一緒になって怪獣と竜の姿の星座でしたが、フェニキアに伝わって蛇を持つ男の星座に変化し、ギリシャ時代にへびつかい座となりました。へびつかい座からへび座を、いつごろ誰が独立させたのか判っていませんが、一説には紀元２世紀のプトレマイオス（トレミー）が分割したともいわれています。ただし、へび座は普通トレミーの４８星座の中には数えられていません。
トロイ戦争の末期、ギリシャ軍は軍勢を隠した木馬を城門の前に置き去りにしました。トロイ兵たちはあっさり計略にかかり、木馬を城内に引き入れました。しかし、僧侶ラオコーンはこれがギリシャ軍の謀りごとであることを見破って、トロイ軍に木馬を城外へ出すように進言しました。ギリシャ側に加勢していた海神ネプチューンは、海へびを送ってラオコーンとその２人の息子を締め殺させてしまったと言います。夜になって、勝利の宴に酔っていたトロイ軍は、木馬から出てきたギリシャ軍にあっさり敗れてしまいました。