1669年には、シャクシャインに率いられたアイヌ人たちが、北海道全域で商船や働いている
和人を襲撃して、各地で合計273人もの和人を殺害するという大事件が起きました。

この事件は、もともとアイヌの部族同士の漁場権をめぐる争いが元になった起きたことの
ようで、はじめは松前藩もその調停に乗り出していました。ところが、ちょっとした誤解が
もとになって日頃の不満が爆発し、北海道各地の和人が襲撃されたのです。

このとき、松前の館は襲撃の対象とはなりませんでしたが、江戸幕府も問題を重視して
鎮圧に乗り出し、松前藩の領土外まで軍隊が動きました。
そこでこの時以来、北海道全域が日本人に支配されることになったのでした。

当時、松前藩の主な収入は、アイヌの人々との交易によるものでした。
松前藩は直接アイヌの人々と取引しただけではありません。藩は、本州からやってくる商人
たちに「商い（あきない）場」という場所を決めてアイヌ人と交易することを認めて、その
「認可料」を受け取っていたのです。
まもなく商人たちはアイヌ人や和人を雇って漁業や林業を経営するようにもなりましたが、
藩はその場所を経営するようになりましたが、藩はその場所の営業権を認める特許料もとり
ました。その他、輸出入の関税も取りました。