毎年マニラの飲料水からも、一般細菌類、大腸菌群が検出されている。
それでも、東南アジアの中では比較的、菌量が低く、安全といえます。

また、鉄分が溶出している検体が多く、これは水道管が老朽化が原因となっています。
日本企業が多く進出しているミンダナオ島のカカヤンデオロ市でも、細菌による汚染がみられています。