増殖したプランクトンにより、水中の酸素が少なくなる。魚のえらにプランクトンが はりつく。毒のあるプランクトンを魚が食べたりなどする。
その結果、多くの魚が死んでしまうことがあり、漁業に大きな害をあたえます。

瀬戸内海における赤潮の発生では、

昭和47年７月（養殖ハマチ1,400万尾へい死、被害金額71 億円）、
52年８月（養殖ハマチ330万尾へい死、被害金額30億円）、 53年７月（養殖ハマチ280万尾へい死、被害金額33億円）、 57年８月（養殖ハマチ38万尾へい死、被害金額８億円） 及び62年８月（養殖ハマチ135万尾へい死、被害金額16億円）には播磨灘、 また、平成10年８月（養殖マガキ8,518万枚へい死、被害金額39億円）には安芸灘を中心として、

大規模な漁業被害が発生した。