保管室には、重要書類や御真影が保管されていた。　生徒は一切立ち入ることができなかった。　指揮連絡室とこの部屋の壁の一部は簡単に崩すことができ、床の下から参謀が逃げるための抜け道が掘られていたという証言があるが、定かではない。