アルメイダは、１５２５年にリスボンで生まれました。１５４６年に医師免許を取得した後にゴアからマカオに向かい、中国と日本の交易で財をなして高名な商人となりました。１５５２年彼は日本を訪れ、山口でトーレス神父に会いました。トーレス神父はフランシスコ・ザビエルの事業を継承して日本で布教を続けていた人物ですが、アルメイダはその姿を見て思うところがあったのか、１５５５年にザビエルのように日本で宣教する決心をして再度日本に向かいました。彼は大友宗麟の城下町、豊後府内（大分市）に行き、私財を投じて乳児院を建てました。なぜなら、彼は親が幼子を大分川の入り江の砂地におき、満ち潮で溺死させるのを目の当たりにしたからです。
　１５５６年、自分の富をすべてイエズス会に寄付し、修道士となり、翌１５５７年、大友宗麟からもらい受けた土地に、日本初の病院であるハンセン病棟と一般病棟からなる総合病院を建てました。アルメイダの外科医としての技量は当時の日本人からすると驚くべきものでした。布教においても豊富な学識をもつアルメイダは、僧侶などの要求によく応え、医師としても貧しい人々を助けたので、彼の周りには自然と多くの信者が集まってきました。その後も彼は貿易への投資や病院の資金の調達、それに当時財政難だった日本の教会への私財の寄進を続け、１５５８年に医学教育を開始しました。
　やがて、アルメイダは九州中心に医療活動を行うようになりました。１５６７年には、平戸の領主がキリスト教に不寛容であったにもかかわらずアルメイダは長崎に布教し、日本の教会の中心になる教会を長崎に建てました。さらに、彼は長崎開港の扉をも開き、長崎は以後キリスト教と南蛮貿易の中心地として繁栄することとなりました。１５８０年マカオにわたり司祭に昇格し、その後日本に戻り布教・医療活動に専念しますが、１５８３年１０月に天草河内浦で没しました。

▲日本で初めて外科手術を行ったアルメイダ

　アルメイダは日本の医療技術の発展に尽くした人物で、マカオやゴアから薬剤を取り寄せて治療をしたり、日本に外科技術を持ち込んだりとたくさんの業績を残しています。2頭の雌牛を飼って貧しい子供たちに牛乳を飲ませて育てたという話や、見捨てられた貧しい赤ん坊やハンセン病の人々をかけがえのない神の子どもとして見て尊重するという姿勢が多くの人々に感銘を与えたという話もあります。
　彼は「病を治し、こころも癒す医師」を理想としており、病気で苦しんでいる人々や貧しくて治療を受けることができない人々を救いたいとゆう気持ちが強くとてもやさしい性格だったので、彼の周りには各地からたくさんの患者が集まってきました。大分市にはアルメイダの名を顕彰して名付けられた「大分市医師会立アルメイダ病院」があるほどです。