最初の人工制限酵素「ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)」
ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)は3種類の人工制限酵素のうち、1996年に開発された最初の人工制限酵素で 2000年代中ごろに初めてヒトの細胞でゲノム編集がなされました。ZFNは、DNA結合部分は30種類のアミノ酸でできた 「ジンクフィンガー」というものがいくつか連なってできたものと切断酵素である「Fokl」というもので構成されています。
ジンクフィンガーはひとつで3つの塩基を認識することができます。これを利用して、ジンクフィンガーの種類を変えることによって指定した塩基を 認識することができるようになりました。たとえば、ジンクフィンガーを8つ組み合わせれば、24の塩基を認識できます。特定の24の連続した塩基配列は 理論上哺乳類には1か所しか現れないので、確実に標的を操作することができます。 Foklは、誤った場所でDNAを切断するのを防ぎ、目的の場所を切断するために、DNAの両側に2つそろったときにだけ切断するという性質を持っています。